对于日菲两国举行此次有关亚洲地区海洋安全的首次副司局长级磋商，分析人士认为，对于日本来说，其图谋有三，一是进一步加强和菲律宾之间的合作和友谊，进而巩固和强化和东盟之间的关系，扩大其在东南亚事务中的发言权；二是通过插手南海事务，牵制和对抗中国，增加其在钓鱼岛问题上对华谈判的筹码，并在国际社会营造对华舆论的压制态势；三是由于同样在领土争端问题上，日本对韩国和俄罗斯的强硬态度束手无策，最近更是受俄罗斯在公海海域频繁和大尺度的军事活动的影响压力陡增，所以希望在东海和南海问题上能有所收获，以减轻其国内政治压力。而对于菲律宾而言，其时常周旋于中国、日本和美国等国家之间，利用各国之间存在的争议和矛盾，努力把自己做为各方争取的筹码，创造自己被利用的价值，以谋求自身利益的最大化。在南海问题上，中方主张通过两国之间的友好协商来解决争端，反对南海问题国际化，而菲律宾则主张诉至国际海洋法法庭，将该问题复杂化和扩大化。此次日菲两国间就南海问题展开政府间磋商，其目的就是为了使南海问题进一步复杂化。

分析人士普遍认为，南海问题和东海问题最重要的幕后推手是美国，今后这两个问题会如何演化，都和美国的立场密不可分。美国能不能平静地对待中国的和平崛起，能不能在国际事务中少些霸气，多些和气，都关乎着这些问题的最终解决。