张彬、朱光磊认为从“利益综合”等具体问题入手可以深化中国政府过程研究。任剑涛则指出中国政府体制改革绝对不是一个单纯的行政改革问题，而确确实实地是一个政治问题，或说是主义问题。就此而言，有必要翻转原来从行政到政治的被动取向，转向从政治到行政的主动改革取向。因为只有解决了制约改革成效的权力来源合法性问题，才能为一切权力运用困难的解决提供最为可靠的基本制度保障，从而为真正进入现代的中国改革提供当下最为急缺的理论支持。

中国的治理模式问题是2009年政治学研究的一个重点。总体而言，中国的治理模式正处于从政治动员为中心的运动型向依法治理模式的转变之中。一般而言，政治动员为中心的运动治理模式在新的政治社会环境中显现出其自身存在的不足，而为诸多学者所诟病。但唐贤兴等则从决策议程对环境的回应、动员社会中的稀缺资源和实现政府间合作三个角度分析指出，运动式治理深刻地反映了政府在选择政策工具上的困惑。在社会动员模式发生变化的现实情况下，政府在习惯上仍对运动式治理产生偏好，这实质上是政府的社会动员能力不足的表现。同时，运动式治理也确实存在着弥补政府动员能力不足的可能性。其实，运动式治理有着一定的必然性及合理性，完全否定它在治理过程中的价值是不理性的态度。

中国政府设置中的“条块关系”是众所周知的，但相关研究却不多。2009年周振超所著《当代中国政府“条块关系”研究》一书，填补了这一空缺。作者从中国政治发展和制度建设的全局出发，选取“条块关系”为研究对象，以探寻“四位一体”条块关系模式形成、发展、运作和转型的内在政治逻辑为切入点，对中国政府间纵向关系的动态平衡问题，进行了较为深入、全面的研究，并在此基础上提出了富有建设性的对策建议。

人民代表大会制度是中国根本政治制度。尽管在法律上，人大制度的地位、职权及作用已经得到比较清楚全面的阐述，但其法律地位在现实政治运作中并没有完全、充分地体现出来。同时，其实际地位也远非人云亦云的那样形式化、橡皮图章化。刘建军、何俊志等人在《新中国根本政治制度研究》一书中指出，人大制度的完善根源于它与外在情境要素关系模式的变迁之中，根源于外在情境要素对它的要求与期望之中，根源于现代国家治理和现代社会发展的理性要求之中。从这一角度看，人大制度60年来的运作与发展，大致经历了以合法性取向为中心，以效率取向为中心和以有序民主取向为中心的三个阶段的建设历程。