10月27日，作为“邓小平理论与实践系列讨论会”的第一个活动--“邓小平理论与实践学术研讨会”在上海社会科学院召开。会上，上海社会科学院成立了“邓小平理论研究中心”。院领导决定由“毛泽东思想研究中心”承担起“邓小平理论研究中心”的任务，即两个中心一套班子，李君如担任主任。

邓小平理论研究中心成立后，以“邓小平理论与实践系列讨论会”为平台，组织了一系列报告会和理论研讨会，研究和宣传工作进行得有声有色，影响越来越大。

1993年春节期间，中央领导同志到上海视察时，接见李君如并就如何落实十四大提出的用邓小平建设有中国特色社会主义理论武装全党的问题征求他的意见。同时，希望他去中宣部工作。

1993年3月18日，李君如被调到中宣部，担任理论局副局长。

1997年8月12日，中共十五大召开前夕，时任中共中央宣传部理论局副局长的李君如在《中国经济时报》发表了题为《第三次思想解放：冲破姓“公”姓“私”的思想疑惑》一文，文章首次提出的“第三次思想解放”的观点，引起了人们的强烈关注。

1998年11月李君如调任中共中央党史研究室副主任。2000年 5月，李君如调任中共中央党校副校长。在这个中国共产党的最高学府，李君如的理论研究进入了一个黄金期。从2000年到2009年的10年间，他与中央高层频繁接触，直接聆听教诲，对马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观重大战略思想进行了深入系统的研究，发表了一系列有重大影响的理论文章，出版了一系列有重大影响的专着。

与时代同步，与理论同行。改革开放的30年，是中国特色社会主义理论体系形成的30年。自上个世纪80年代初开始进入上海社会科学院从事理论研究工作至今，李君如已经在党的理论战线上辛勤耕耘了近30个春秋。学术立身，著作等身，理论行世。30年间，李君如以“贴着中国社会的现实，展开理论思维的翅膀”的治学作风，获得了理论上的大丰收。其著作《观念更新论》、《毛泽东与近代中国》、《毛泽东与当代中国》、《毛泽东与毛泽东后的当代中国》等诸多学术著作，得到社会上和海外高度关注和重视。

李君如最信奉的格言是：山水同乐，又仁又智；学思相兼，不罔不殆。他正是这样一个仁者、智者、学者，一个与时俱进的理论家和思想者。