其次，为对抗蓝营急需智库提供政治论述。民进党上台后，为挤压蓝营生存空间，摆脱泛蓝势力对陈水扁当局的强力制衡，绿营对智库政策建言的需求极为迫切。包括“台湾社”、“台湾管理学会”在内的大部分绿营智库都在这一时期创建。民进党下台后，绿营则以智库为阵地，凝聚前政务官、中生代，网罗人才，加强政策论述，攻击蓝营施政，为东山再起做准备。2008年政党轮替后成立的“绿色逗阵工作室”、“二次党外论坛”等泛绿智库抹黑马当局政策，谢长廷透过“台湾维新基金会”发挣“养才”功能，力拼明年的“直辖”市长选战。

再次，绿营为推行“台独”、对抗大陆政策，必须倚重智库建言。民进党上台后，大陆持续释放缓和两岸关系的善意及对台利好政策，加大了民进党调整大陆政策的压力。绿营大规模扩张智库，借助智库的政策建言，为其“台独”施政出谋划策。如“台湾综合研究院”成立负责“国际关系与战略”的第四所，为陈水扁当局的“金援外交”、“烽火外交”极力背书。2008年绿营成立“台湾新社会智库”，延揽前“陆委会副主委”邱太三、前“国安会咨询委员”陈文政等曾经负责两岸事务的资深人士，规划民进党的两岸政策论述，因应两岸关系发展新形势。

绿营智库的影响

绿营智库对岛内民意、蓝营施政及两岸关系和平发展造成负面影响。

首先，绿营智库的报告言论助长“台独”民意。绿营智库在陈水扁当局支持下，大力鼓吹“台独”理念，煽动“台湾主体意识”、“悲情意识”，弱化部分民众的“中国认同”，导致“台独”意识恶性膨胀。