2016年3月29日，国家发展和改革委员会印发《关于废止教材价格和部分服务收费政策文件有关问题的通知》，决定自2016年5月1日起废止《国家发改委、司法部关于<印发司法鉴定收费管理办法>的通知》（发改价格[2009]2264号）等有关价格和服务收费政策文件，各省、自治区、直辖市人民政府价格主管部门会同同级司法行政部门于5月1日前制定出台本地区司法鉴定收费标准的，文件执行之日同时在本省范围内停止执行《国家发改委、司法部关于<印发司法鉴定收费管理办法>的通知》（发改价格[2009]2264号）。

根据2015年4月修改后的《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》和有关文件精神，《国家发改委、司法部关于<印发司法鉴定收费管理办法>的通知》废止后，司法部和国家发改委不再制定出台新的收费管理规定，由各地依法制定出台本地区的司法鉴定收费管理规定和收费标准。